尽管CSS+DIV具有一定的优势，不过现阶段CSS+DIV网站建设存在的问题也比较明显，主要表现在：
第一，对于CSS的高度依赖使得网页设计变得比较复杂。相对于HTML4.0中的表格布局（table），CSS+DIV尽管不是高不可及，但至少要比表格定位复杂的多，即使对于网站设计高手也很容易出现问题，更不要说初学者了，这在一定程度上影响了XHTML网站设计语言的普及应用。
第二，CSS文件异常将影响整个网站的正常浏览。CSS网站制作的设计元素通常放在几个l外部文件中，这一个或几个文件有可能相当复杂，甚至比较庞大，如果CSS文件调用出现异常，那么整个网站将变得惨不忍睹。
第三，对于CSS网站设计的浏览器兼容性问题比较突出。基于HTML4.0的网页设计在IE4.0之后的版本中几乎不存在浏览器兼容性问题，但CSS+DIV设计的网站在IE浏览器里面正常显示的页面，到火狐浏览器（FireFox ）中却可能面目全非（这也是为什么建议网络营销人员使用火狐浏览器的原因所在 ）。CSS+DIV还有待于各个浏览器厂商的进一步支持。
第四，CSS+DIV对搜索引擎优化与否取决于网页设计的专业水平而不是CSS+DIV本身。CSS+DIV网页设计并不能保证网页对搜索引擎的优化，甚至不能保证一定比HTML网站有更简洁的代码设计，何况搜索引擎对于网页的收录和排序显然不是以是否采用表格和CSS定位来衡量，这就是为什么很多传统表格布局制作的网站在搜索结果中的排序靠前，而很多使用CSS及web标准制作的网页排名依然靠后的原因。因为对于搜索引擎而言，网站结构、内容、相关网站链接等因素始终是网站优化最重要的指标。
